В результате повышенной необходимости в специалистах гидрометеорологического профиля, в 1930 году (Постановление Центрального исполнительного комитета и Совета народных комиссаров СССР (приказ № 237 от 23 июля 1930 года) в Москве на базе геофизического отделения физического факультета МГУ был создан Московский гидрометеорологический институт, который после войны был переведен в Ленинград и переименован в Ленинградский гидрометеорологический институт (ЛГМИ).
Институт стал первым в мире высшим учебным заведением гидрометеорологического профиля.
За 75-летнее существование институт выпустил свыше 20 000 специалистов. На посту ректора сменилось 11 человек.
В 1994 году вузу был придан статус Регионального метеорологического учебного центра ВМО, а в 1998 году институт получил статус университета (РГГМУ).
В 2011 году РГГМУ признан лучшим университетом России по организации и выполнению проектов ТЕМПУС и Эразмус Мундус.
В 2011 году на базе университета была создана технологическая платформа «Технологии экологического развития».
В 2011 году Российский государственный гидрометеорологический университет стал обладателем «Мегагранта» — гранта Министерства образования и науки РФ на привлечение в высшие учебные заведения страны учёных с мировым именем. В рамках программы «Науки о Земле» научными исследованиями в РГГМУ занимается известный французский учёный Бертран Шапрон из научно-исследовательского института изучения и эксплуатации ресурсов моря IFREMER. Теперь Бертран Шапрон возглавляет научные исследования по направлению «Спутниковая океанография» в рамках созданнной в университете лаборатории мирового уровня.
Наш университет отдает предпочтение современным подходам и эффективной реализации ключевых мероприятий во всех сферах деятельности.
В основе непрерывного улучшения качества образовательного процесса и научной работы в РГГМУ лежит развитие системы внутренних и внешних взаимосвязей, охватывающей всех участников — от студентов и сотрудников вуза до органов управления образованием федерального уровня и общественности.